A UNIFASE/FMP também mantém diversas parcerias com instituições nacionais e internacionais a fim de realizar pesquisas, intercâmbios e estágios. Entre os parceiros estão o Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC), a Fiocruz, o Hospital Central do Exército, a PUC da República Dominicana, o Instituto Cochrane do Brasil, a Marinha do Brasil, a Universidad Nacional de Quilmes, a Unidad Docente de Medicina Familiar y Comunidad Sectro II de Zaragoza, a Universidad de Sevila e a Universidade do Minho.
