Quatro meses depois de ter assumido a presidência do sindicato, no dia 6 de junho de 1988, véspera de sua ida a Brasília, onde entregaria um importante relatório ao Ministro da Reforma Agrária, Sebastião sofreu um atentado na Rodovia Amaral Peixoto, levando seis tiros. Morreu cinco dias depois, aos 46 anos de idade.
